小編之前寫過一篇關(guān)于白色PCR管和透明PCR管相比較的文章,之后就有很多小伙伴@小編,詢問除了顏色不同外,為什么實(shí)驗(yàn)室里的大師兄都開始用0.1ml的PCR管了?普通0.2ml管和0.1ml管對qPCR實(shí)驗(yàn)結(jié)果會有什么不同的影響嗎?
首先,我們先來看一下市場上這些主流qPCR儀,比如國外的ABI(賽默飛)的7500 Fast,Roche的LightCycler96和LightCycler480,Bio-Rad的CFX96 Touch,安捷倫的AriaMx等以及國內(nèi)的朗基Q1000/Q1000+和Q2000系列,它們都已經(jīng)以0.1ml管為標(biāo)配耗材,像賽默飛更是向定量PCR用戶推薦優(yōu)先選擇低容(0.1ml)耗材。趨勢已來,勢不可擋。
那么在定量PCR實(shí)驗(yàn)中,為什么0.1mlPCR管比普通0.2ml管有著天然的優(yōu)勢呢?且聽小編慢慢道來。
首先我們看外形,普通管要比0.1ml管高很多(見圖1)。
而恰恰因?yàn)閮烧吒叨壬系牟町?,造就?.1ml管即將擁有開掛的一生。
Ø 縮小死體積,避免掛壁冷凝水
當(dāng)加入同樣體積的反應(yīng)液時,相比0.2ml管,0.1ml管的反應(yīng)液上方空間(也稱死體積)則相對小得多,浪費(fèi)的空間就更少(見圖2)。實(shí)驗(yàn)中隨著樣品臺逐漸升溫,管內(nèi)加熱后產(chǎn)生的水蒸氣會進(jìn)入上方空間,普通管容納了更多的水蒸氣,導(dǎo)致反應(yīng)液被濃縮,反應(yīng)液成分的變化進(jìn)而影響到導(dǎo)熱性和液體溫度,從而影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果的穩(wěn)定性和精確性。相反,對于0.1ml管來說,就會大大減少死體積,使得反應(yīng)成分更穩(wěn)定,重復(fù)性更好。
另外,由于普通管中的水蒸氣要經(jīng)過更長距離的裸露部分才能到達(dá)頂部的熱蓋處(見圖3),不可避免地導(dǎo)致一些冷凝水掛壁現(xiàn)象的形成,這對熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)是致命的。因?yàn)閽毂诘睦淠拖褚粋€個微型透鏡,造成熒光的折射和散射,劣化并衰減檢測器信號的一致性,降低靈敏度。
而0.1ml管由于被樣品臺充分包裹,裸露在樣品臺外面的部分極少,與熱蓋的距離也更近,大大降低了掛壁冷凝水的產(chǎn)生,以及冷凝水污染的可能性,當(dāng)然實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)就更準(zhǔn)確啦。
圖2
圖3
Ø 短光程,提高熒光捕獲率
由于試劑成本越來越高,實(shí)驗(yàn)設(shè)計的反應(yīng)體積越來越小,蕞常見就是20-25ul,甚至在定量PCR實(shí)驗(yàn)中,5-10ul的用戶也是屢見不鮮,對0.1ml管來說綽綽有余,即使加50ul 也不在話下(見圖4)。
對于頂部檢測的熒光定量PCR儀來說,在同等體積下,從激發(fā)光進(jìn)入反應(yīng)液到產(chǎn)生的熒光被探測器接收,PCR管的高度越低,光經(jīng)過的路程(即光程)就越短,(0.1ml管比普通管的光程縮短達(dá)10.6mm),檢測器的熒光捕獲率就更高,實(shí)驗(yàn)的結(jié)果就越美麗。
圖4
總之,當(dāng)聯(lián)合使用0.1ml管和白管時,更可以發(fā)揮1+1>2的效果,即使在2.5-5ul的極限體積下,也可以得到較好的擴(kuò)增曲線,有圖為證(見圖5)。
2.5ul 10倍稀釋樣品擴(kuò)增曲線
圖5 5ul 四通道多重試劑擴(kuò)增曲線
現(xiàn)在小伙伴們明白了為什么qPCR高手都愛用0.1ml PCR管了吧。也許你還習(xí)慣使用普通管,小編寫此文就是希望能讓你改變思路,擁抱未來呢。
正所謂濃縮的皆是“精華”——0.1ml管(白管更佳)將是熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)成功的致勝法寶!